IFMSA-Spain se guía por sus Comités Locales (CLs), quienes toman las decisiones de manera activa durante las Asambleas Generales. En éstas, se elige al Equipo de Coordinación, encargado de dirigir el trabajo de la Federación durante el año. Este equipo, cuenta con el apoyo de la Comisión Superviosra y de los Enlaces Oficiales.

Así mismo, cada área de la Federación cuenta con un conjunto de personas, denominados «Equipo Nacional», que ayudan al desarrollo de IFMSA-Spain.